Tarih boyunca çeşitli medeniyetlere ev sahipliği yapan Samsun, doğal limanı, çevresine hâkim konumu, korunaklı yapısı ve görselliğiyle dikkat çekmiştir.
En eski yerleşim bölgesi olarak bilinen Tekkeköy, Samsun'un tarihini Mezolotik döneme (M.Ö. 12000 ile 8.000) kadar götürüyor. Kent merkezinde ise M.Ö. 7000'li yıllara ait arkeolojik malzemeler bulunmuştur.
Yazılı tarihe göre bölgede yaşayan ilk topluluk olan Gaşkalar, Hititlerin bölgeye ulaşamaması sonucu Samsun'un da bulunduğu bölgeyi "Yukarı El" olarak adlandırmıştır.
Şehrin adının Yunanca "Amisos" kelimesinden geldiği tartışmalara rağmen, bu kelimenin kökeninin eski Yunan öncesi döneme dayandığı genel kabul görüyor. Yunan tarihçileri tarafından da kabul edilen bu duruma göre, Amisos kelimesi Yunanca olmayıp Palaskça'dır. Ayrıca, Amisos adının bölgeye deniz yoluyla gelen Yunanlılar tarafından verilmediği, daha çok Amasia gibi Anadolu kökenli bir kelime olduğu düşünülmektedir.
Roma İmparatoru Pompeius, M.Ö. 64 yılında Amisos'a geldiğinde şehrin ismini Pompeiopolis olarak değiştirmiş ancak bu isim kalıcı olmamış ve Amisos adı sonraki dönemlerde de kullanılmıştır.
Günümüzde "SAMSUN" adı kullanılmaktadır ve bu isim, Türklerin bölgeye hakim olmasından sonra ortaya çıkmıştır. 12. ve 13. yüzyıldaki Türk kaynaklarında "Samsun" ismi kullanılırken, aynı dönemdeki batı kaynaklarında "Sampson" adı görülmektedir. "Samsun" ve "Sampson" kelimelerinin hepsinin Amisos'tan türetildiği kabul edilmektedir. Osmanlı dönemi kaynaklarında ise yazılış farklarına rağmen genel olarak "Samsun" kelimesi kullanılmıştır.
Ancak bu dönem boyunca şehrin adı "Samsun" olarak anılırken, sancak adı olarak "Canik" kullanılmıştır. Cumhuriyet dönemine gelindiğinde, idari düzenleme ile vilayet haline getirilen şehrin adı "Samsun" olarak kullanılmaya devam etmektedir.