Birinci ve ikinci katı oluşturan ağız kısmı ile Büyük Çöküntü Salonu'nda bulunan damlataşlar tamamen fosilleşmiş durumda. Mağaranın en genç bölümü olan üçüncü ve dördüncü katlarda ise Damlataşlar Salonu, yer altı deresi ve aktif küçük kol yer alıyor. Gökgöl Mağarası'nın toplamda üç ağzı bulunuyor, bu ağızlardan ikisi fosilleşmiş durumda. Görkemli görünümüyle dikkat çeken giriş ağızlarından büyük olanı, ziyaretçilerin girişini sağlıyor.
Gökgöl Mağarası, toplam uzunluğu 3350 metreyi bulan yapıya sahip. Ana galeri doğu, güneydoğu-batı ve kuzeybatı yönlerinde gelişen iki büyük yan kol ile birlikte damıyor. Ana galeriden sonraki kısımda yer altı deresi ve büyük çöküntü salonu bulunuyor. Bu yer altı deresi, mağaranın aktif ağzından Erçek Deresi'ne kadar uzanıyor.
Mağara içerisi damlataş birikimi bakımından oldukça zengin. Gökgöl Mağarası, travertenlerden, bayrak ve perde şeklindeki akma damlataşlarına kadar birçok farklı damlataşı ile süslü. Buna ek olarak, duvar damlataşları, makarna sarkıtlar, mağara gülleri, mağara iğneleri ve içi su dolu damlataş havuzları bulunmaktadır.
Gelişimleri halen devam eden bu damlataşlar, mağaradaki oluşum sürecinin hala aktif olduğunu gösteriyor. Gökgöl Mağarası'nın ilk 875 metresi turizme açık alan olarak kullanılıyor. Bu bölümde, Fosil Giriş, Damlataşlar Galerisi, Çöküntü Salonu, Muhteşem Salon, Büyük Çöküntü Salonu ve Harikalar Salonu gibi çeşitli noktalar bulunuyor. Aydınlatılan bu alanda ayrıca yürüyüş parkurları, köprüler ve seyir terasları yer alıyor. Gökgöl Mağarası'nda geçmişin izlerini yakından inceleyebilir, eşsiz bir underground macera yaşayabilirsiniz.